Image J - Initiation

• Action régionale
• PDF
•   Techniques spécifiques
•    Jean-François GILLES , Vincent CONTREMOULINS , Olivier LEROY

Objectifs

IMPORTANT : En raison de contrainte de salle, la formation se déroulera dans une salle banalisée. Les stagiaires devront impérativement venir avec leurs ordinateurs portables et chargeurs.

Cette formation a pour but de vous familiariser avec le logiciel ImageJ/FIJI et à maîtriser les concepts de base de l’analyse d’image permettant la mise en forme et la quantification des images numériques. Afin d’automatiser l’application de ces traitements, une initiation à l’écriture des macros vous sera dispensée sous forme de résolution de problèmes concrets.

Cette formation vous permettra de :

• Acquérir les bases théoriques du traitement et de l’analyse d’images
• Savoir utiliser imageJ pour les opérations courantes de traitement d’images
• Vous initier au principes des macros

Pour votre information, selon le site de la formation, une visio conférence sera organisée par le formateur, une semaine avant la date de démarrage de la formation, afin d’ajuster les modalités techniques avec l’ensemble des participants.

Public

Chercheurs, ingénieurs, techniciens, doctorants, préférentiellement issus de la biologie mais aussi de la physique ou de la chimie, désirant s'initier à l'analyse d'images.

Pré-requis

Pédagogiques : • Être à l’aise avec l’outil informatique (système d’exploitation Windows ou Mac) • Avoir des notions de microscopie Techniques : • En fonction du site de formation, disposer d’un ordinateur portable • Installation de la version gratuite d’ImageJ sur son ordinateur professionnel en amont de la formation • La formation étant abordée au travers des images des participants, il est impératif qu’elles soient fournies avant la formation, 1 semaine avant la formation

Programme

JOUR 1

1/ L’image numérique en microscopie

• La chaine d’acquisition d’images en biologie
• Résolution et échantillonnage en microscopie
• Formats d’images
• Stacks et Hyperstacks

2/ Visualisation d’image

• Histogrammes
• Palettes de couleurs
• Reconstructions 2D/3D

3/ Analyse quantitative des images numériques en biologie

• Régions d’intérêt (ROI)
• Filtres spatiaux et fréquentiels

JOUR 2

4/ Analyse quantitative des images numériques en biologie (suite)

• Seuillage
• Filtres morphologiques
• Comptage d’objets
• Colocalisation
• Tracking

JOUR 3

5/ Initiation à la programmation de macros ImageJ

• Gestion des entrées/sorties
• Automatisation par l’utilisation de boucles, variables…

6/ Etude de cas pratique sur les images des participants

Méthodes pédagogiques

• Alternance d’apports théoriques, de démonstrations, d’exercices pratiques et étude de cas
• L’illustration des notions abordées se fera au moyen des images fournies ou celles des participants

Un support de formation vous sera remis à l’issue de la formation (format électronique)

EVALUATION DE LA SATISFACTION / ASSURANCE QUALITE

• Questionnaire de satisfaction à l'issue de la formation
• Questionnaire de validation de mise en oeuvre des acquis, 3 mois après la formation