Notions de protéomique par spectrométrie de masse

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•   Connaissances scientifiques

Objectifs

Acquérir les bases théoriques des stratégies en protéomique bottom-up et top down.

Dans votre motivation, merci de préciser les raisons de votre participation à cette formation et si vous avez déjà un projet en protéomique en cours ou à venir.

Public

Techniciens supérieurs, ingénieurs, chercheurs

Pré-requis

Connaissances de base en biochimie et en techniques analytiques

Programme

JOUR 1

Notions de protéomique

• Interface entre la chimie analytique et la biologie
• Sciences des omics
• Pourquoi étudier le proteome
• Outils en protéomique
  • Spectrométrie de masse
  • Autres techniques
• Protéomique par spectrométrie de masse
  • Analyse de protéine entière : Top Down
  • Analyse de protéines digérées : Bottom up
  • Quantification
  • Autre type analyse

Traitement de l'échantillon

• Objectifs
  • Identification, découverte
  • Caractèrisation d’une protéine particulière
  • Quantification
• Types d’échantillons (cellule, tissus, extrait, …) et leur workflow (exemple, avantage)
  • Lyse cellule
  • SDS-Page

La spectrométrie de masse : principe en protéomique

• Schéma général
• Un peu de vocabulaire
• Les différentes sources
• Les analyseurs
• La séparation des protéines/peptides, HPLC

JOUR 2

Principes de séquençage par MS/MS

• Nomenclature et fragmentation
• Différentes méthodes de fragmentation
• Analyse d’un spectre

Traitement des données

• Quelques applications possibles
• Les banques de données
• Workflow en bottom up
• La quantification

Méthodes pédagogiques

Alternance d'apports théoriques et mises en application